Pro správné přečtení informace uložené v DNA je třeba přečíst i další notaci, která ji překrývá, totiž epigenetický kód. Už v roce 1940 zavedl britský genetik a embryolog Conrad Waddington termín epigenetika, aby jím popsal interakci genů s jejich prostředím, která určuje konečný fenotyp. Bylo totiž známo, že jednovaječná dvojčata, která mají zcela identický genotyp DNA, se v mnoha ohledech liší, i co do náchylnosti k různým chorobám. Ukázalo se, že aktivita různých genů u padesátiletých dvojčat se lišila třikrát více než u dvojčat tříletých. Obecně vzato, vliv prostředí na tvorbu některých rysů živočichů a jejich schopností je ohromný. Hlavní změny, které vedou k „epigenetickému kódu” jsou methylace DNA, která potlačuje aktivitu daného genu, a navázání různých molekul na volné konce histonů, čímž se mění aktivita DNA, která je obaluje. Molekulární genetika ve špičkových světových laboratořích je nyní ve stadiu zkoumání epigenomiky podobném, jako když zkoumala klasickou genomiku před 30 lety.