Všeobecně se věřilo, že mikroRNA regulující expresi genů se vyskytují pouze u mnohobuněčných organismů. Nedávno však američtí vědci objevili desítky druhů mikroRNA v genomu zelené řasy Chlamydomonas reinhardtii a věří, že jich tam jsou stovky a že se v tom ohledu podobají i evolučně nejvyšším organismům. Zajímavé je, že nedávné výzkumy kvasinky Saccharomyces cerevisiae a prvoka rodu Tetrahymena objevily nepatrný počet molekul interferenční RNA ve srovnání s rostlinami a živočichy, a dokonce žádnou mikroRNA. Je možné, že mikroRNA chlamydomonádě pomáhají přežít v extrémně rozdílných prostředích. V každém případě je jasné, že tyto molekuly pocházejí opravdu z doby před více než miliardou let.