Během několika desítek let se zřejmě vodík stane rozšířeným palivem jako benzín či zemní plyn, byť je mnohem pravděpodobnější, že bude vyrábět energii v palivových článcích místo toho, aby hořel přímo ve válcích spalovacích motorů. Masové rozšíření vodíku se nejspíš neobejde bez problémů. Ponechme teď stranou otázky technologické. Přestože nasazení vodíků je z hlediska udržitelného rozvoje výhodnější a produktem jeho hoření je čistá voda, zcela bez dopadů na životní prostředí vodíkové hospodářství nebude. Spálením vodíku získáme méně energie než hořením uhlovodíků (např.nafta, benzín), takže nahrazení benzínu vodíkem při dosažení stejného výkonu znamená větší spotřebu tohoto plynu, a tedy i více uvolněné vodní páry. V místech s hustším provozem by mohlo dojít ke vzniku vskutku skleníkové atmosféry s příslušnými dopady na životnost budov, ale třeba i elektrických zařízení, kterých ve městech není málo.

Dle názoru odborníků z Caltechu v kalifornské Pasadeně hrozí ještě větší nebezpečí. Není pochyb o tom, že přes veškeré zabezpečení budou nepatrná množství vodíku unikat do atmosféry. V celosvětovém měřítku půjde o mnoho tun, které rychle uniknou do stratosféry, protože vodík je nejlehčím prvkem. Tam bude rychle reagovat s ozónem za vzniku vody, takže dojde k dalšímu oslabení ozónové vrstvy. Neznamená to, že bychom kvůli možným dopadům na životní prostředí měli rezignovat na vodíkové hospodářství, protože ani současný stav není uspokojivý. Nicméně je dobré zvažovat a minimalizovat negativní dopady nových technologií již v průběhu jejich zavádění a ne, až se plně projeví, jako jsme to udělali u klasických spalovacích motorů.