Autofágie je základní homeostatický pochod, kterým se buňky zbavují svých poškozených součástí. Zřejmě původní funkce této degradační dráhy zahrnující lysosomy, autolysosomy, fagosomy a autofagosomy je adaptace na nedostatek živin. Avšak ve vícebuněčných organismech základní molekulární pochod při autofágii zahrnuje tzv. autofágní proteiny a při tom pořádá různé aspekty buněčných a orgánových reakcí na nebezpečné stimuly, jako je infekce. Nedávné výzkumy odhalily zásadní úlohu autofágie a jejích proteinů v imunitě a zánětech. Autofágie dokáže vyrovnávat pozitivní a negativní účinky imunity a zánětlivých pochodů a pomáhá tak při ochraně proti infekčním, autoimunitním a zánětlivým chorobám.