Molekulární motor může fungovat jako vrtačka, které prorazí buněčnou membránu rakovinné buňky, což nepřežije. Chemickou strukturu vhodného molekulárního motoru vidíme na obrázku. Část označená jako rotor se po excitaci infračerveným zářením roztočí rychlostí až tři miliony otáček za sekundu. Peptidové řetězce navázané na nerotující část molekuly fixují molekulární motor na povrchové struktury buňky určené k likvidaci s přesností na 200 nm. Jejich výběr je velmi důležitý, protože zajišťují, aby rotor ničil rakovinné a nikoliv zdravé tělní buňky.

Energii rotaci dodává elektromagnetické záření. Molekulární vrtačka původně fungovala na ultrafialové světlo, u kterého existuje riziko poškození okolní tkáně. Proto ji vědci upravili, takže postačí adsorpce dvou fotonů infračerveného záření. Výhody shrnuje Robert Pal z Durham University: „Multifotonová aktivace není jen více biokompatibilní, ale zároveň umožňuje hlubší průnik do tkání a eliminuje nežádoucí vedlejší jevy, které by způsobovalo dříve užívané UV světlo.“