Se stále rostoucím zájmem o uhlíkové nanotrubice je třeba řešit řadu praktických problémů, mezi jinými i ten, jak nanotrubice rozdělit podle velikosti. Jde o dosti zásadní problém, protože při výrobě vzniká směs různě silných nanotrubic, přičemž jejich vodivost kolísá od izolantů přes polovodiče až po kovovou vodivost v závislosti na jejich průměru. Vědci z americké Northwestern University je umí rozdělit dlouhodobým odstřeďováním v ultracentrifuze. Rozdíly mezi hmotností jednotlivých nanotrubic ještě zvětší tak, že na jejich povrch nechají naadsorbovat povrchově aktivní látky. Čím má uhlíková nanotrubce větší průměr, tím má větší povrch a tím více povrchově aktivní látky se na ni přichytí.

Jiným způsobem na Rice University. Využili již v sedmdesátých letech vyvinutou metodu zvanou dielektroforéza. Spočívá v tom, že ve střídavém elektrickém poli působí i na nenabité těleso síla daná jeho rozměry, rozdílem mezi dielektrickou konstantou tělesa a prostředí a vlastnostmi vloženého elektrického pole. Konkrétně pro separaci uhlíkových nanotrubic se jako nejvhodnější jeví střídavé napěti o frekvenci 1 MHz a amplitudě 10 V. Strukturu uhlíkových nanotrubic vidíme na obrázku Institute of Physics.