Mnoho mikroorganismů žijících na rostlinách jsou patogeny, které brzdí růst a reprodukci rostlin. Na rozdíl od adaptivní imunity u většiny živočichů se rostliny brání infekci dvěma typy vrozených imunitních systémů. První z nich rozeznává a reaguje na molekuly běžné v různých třídách mikroorganismů, včetně těch nepatogenních. Druhý pak reaguje na virulentní faktory buď přímo nebo působením na cílové objekty hostitele. Tyto imunitní systémy prošly nedávno podrobným výzkumem, který poskytl mnoho informací o rozpoznávání molekul, o buněčné biologii a o evoluci v celé biosféře. Je jisto, že detailní porozumění imunitním reakcím u rostlin pomůže při zdokonalování zemědělských produktů v oborech potravinářství, textilního průmyslu i bioplaliv.