Ve fotosyntéze existují dvě dráhy, kterými se světelná energie převádí na gradient elektrochemického potenciálu protonů na membránách thylakoidů v chloroplastech. Tento gradient pak slouží jako zdroj energie pro syntézu ATP. V první dráze se elektrony uvolněné rozkladem vody spolu s protony a molekulárním kyslíkem ve fotosystému II dostávají až k NADP+ přes fotosystém I. Tady fungují obě fotochemické reakce za sebou a komplex cytochromů b6f zprostředkovává přenos elektronů od fotosystému II k fotosystému I. V druhé dráze, kde se zúčastní pouze fotosystém I, se elektrony recyklují z redukovaného ferredoxinu nebo NADPH zpět na b6f. Tento cyklický proces umožňuje vznik gradientu pH a tím i tvorbu ATP bez hromadění redukujících sloučenin jako NADPH. Ačkoliv se dosud považovala lineární (první) dráha za esenciální pro fotosyntézu v rostlinách, nyní se pomocí mutantů huseníčku Arabidopsis ukazuje, že při úplné blokádě cyklické (druhé) dráhy je fotosyntéza jen málo účinná.