Náš nejstarší předek

31.1.2017
Umělecká rekonstrukce vzhledu Saccorhytus  coronarius (S.Conway Morris/Jian Han).

Velmi zajímavé zkameněliny nalezli a popsali Jian Han a Degan Shu z čínské Severozápadní univerzity v Xianu s podporou čínsko-britsko-německého týmu. Jde o 540 milionů let staré fosilie živočicha Saccorhytus coronarius, které patří mezi nejstarší známé druhoústé (Deuterostomia). Proč paleontology tolik zajímá milimetrový tvoreček, který svůj život trávil sháněním potravy v písku na dně tehdejších moří? Na získání jejich zkamenělin museli zpracovat tři tuny vápence. Druhoústí jsou přímými předky celé řady živočišných skupin, včetně obratlovců, tedy i nás. Zkameněliny pochází z kambrických vápenců v provincii Šan-si ve střední Číně. Uměleckou rekonstrukci vzhledu S.coronarius vidíme na obrázku (S.Conway Morris/Jian Han).

 

Vnitřní hašení

30.1.2017
Chemická struktura samozhášecí sloučeniny trifenylfosfátu.

Množství energie v současných lithiových bateriích je tak vysoké, že v případě zkratu dojde k přehřátí, vzplanutí nebo explozi. Ukázaly to nedávné problémy se smartphonem Samsung Galaxy Note 7. Řešení nabízí práce Kai Liua a jeho kolegů z kalifornské Stanford University. Z termoplastického polymeru zhotovili speciální dutá vlákna vyplněná samozhášecí přísadou, konkrétně trifenylfosfátem, jehož chemickou strukturu vidíme na obrázku. Za teploty 160 oC vlákno taje a uvolňuje samozhášecí přísadu, která případný požár uhasí nebo alespoň zpomalí. Tkaninou z těchto vláken lze nahradit dosavadní separační membrány v lithiových článcích. Jde o jejich běžnou součást, která zabraňuje přímému kontaktu elektrod, avšak dovoluje volný pohyb iontů.

 

Barevní pavouci

29.1.2017
Sameček skákavky Habronattus, foto Thomas Shahan.

Pavouci (řád Aranea) zpravidla nevnímají červený konec světelného spektra. Proto nebývají jasně zbarvení. Červené, žluté a oranžové tóny na nich nenacházíme. Mezi skákavkami (čeleď skákavkovití Salticidae) najdeme dvě výjimky, a to severoamerický rod Habronattus a australský rod Maratus. Odlišné mechanismy jejich vnímání červeného konce spektra popsal arachnolog Nate Morehouse z University of Cincinnati. Skákavky Martus mají na rozdíl od ostatních pavouků v sítnici svých očí světločivné buňky citlivé na červenou. U skákavek Habronattus najedeme na sítnici speciální červený filtr v kombinaci se zelenými světločivnými buňkami. Toto uspořádání jim umožňuje rozeznat červenou, oranžovou a žlutou. Samci toho využívají, aby svým pestrým zbarvením nalákali samičky, jak vidíme na obrázku (foto Thomas Shahan). Řadu dalších pěkných fotografií a videí skákavek najdeme na webové stránce původní práce.

Stanislav 1.2.2017: Četl jsem článek,ale nemohu s tímto tvrzením souhlasit.V České republice jsem narazil žluté pavoukovce zřejmě také skákavka,dále zelene a na tarantule se žlutými i oranžovými zbarvením kloubů.

 

Chiméra lidsko-prasečí

28.1.2017
Chiméra z Arezza, krásný etruský bronz z 5.století př.n.l., nyní ve sbírkách Národního archeologického muzea ve Florencii, foto Sailko, CC BY-SA 3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0), via Wikimedia Commons.

Chimérou nazýváme tvora nebo jeho zárodek, jejichž těla tvoří buňky odlišných druhů, tedy s rozdílnou genetickou informací. Pojmenování pochází z řecké mytologie, kde Chiméra byla příšera ze lva, kozy a draka. Poslední chiméru z buněk lidských a prasečích stvořil rozsáhlý vědecký tým vedený Juanem Carlosem Izpisua Belmontem z kalifornského Salk Institute for Biological Studies. Postupovali tak, že do raného embrya prasete vpravili lidské pluripotentní kmenové buňky. To jsou ty, ze kterých může vzniknout ještě jakákoli lidská buňka. Nevyroste z toho nic obludného, nejspíš zatím nevyroste vůbec nic. Je to samý začátek cesty, na jejímž konci by v praseti vyrůstaly lidské orgány použitelné pro transplantace. Lidsko-prasečí chiméry jsou významné proto, že velikost našich a prasečích orgánů je obdobná. Vypěstovat naše srdce v laboratorním potkanovi nejde. Na obrázku vidíme Chiméru z Arezza, krásný etruský bronz z 5.století př.n.l., nyní ve sbírkách Národního archeologického muzea ve Florencii, foto Sailko, CC BY-SA 3.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0), via Wikimedia Commons.

 

I ve vědě se podvádí

27.1.2017
Letecký pohled na Lawrence Livermore National Laboratory, public domain, via Wikimedia Commons, https://commons.wikimedia.org/wiki/File%3ALLNL_Aerial_View.jpg.

Sean Darin Kinion, bývalý fyzik z kalifornské Lawrence Livermore National Laboratory, včera nastoupil svůj nepodmíněný osmnáctiměsíční trest za podvody spojené s financováním svého výzkumu. Od americké IARPA, jedné z mnoha vládních organizací k financování výzkumu, obdržel grant ve výši 539 tisíc USD. Měli sloužit k nákup vybavení pro výrobu a testování prvků kvantových počítačů. Nicméně tento výzkum zcela zfalšoval včetně divadelního předvádění experimentů pro kontrolní orgány. Kromě vězení byl odsouzen i k finanční kompenzaci vládě USA ve výši 3.317.893 USD a následnému tříletému probačnímu dohledu. Obdobný případ bývalého profesora Univerzity Karlovy Karla Bezoušky zatím nechávají naše orgány činné v trestním řízení bez povšimnutí. Na obrázku vidíme letecký pohled na Lawrence Livermore National Laboratory (public domain, via Wikimedia Commons, https://commons.wikimedia.org/wiki/File%3ALLNL_Aerial_View.jpg).

vladimír houzar 29.1.2017: podvádí se všude zvláště tam,kde se utápí peníze v činnostech kde vědci nechtějí aby jim někdo porozuměl

 

Diagnovesta

26.1.2017

Diagnostickou vestičku pro rozpoznání zápalu plic (pneumonie) u dětí sestrojila Olivia Koburongo se svými kolegy z Makarere University Kampala v Ugandě. Čidla ve vestě po jejím oblečení snímají údaje o dechové frekvenci, teplotě a zejména zvucích spojených s dýcháním. Přes bluetooth přenese data do mobilního telefonu. Software je vyhodnotí na základě uložených vzorů a stanoví, zdali jde o pneumonii nebo ne. Na zápal plic umírá v Ugandě ročně 24.000 dětí do pěti let věku, často z důvodu záměny pneumonie za malárii. V zemi, kde lékařská péče není tak snadno dostupná jako u nás, může odvést dobrou službu.

 

Role virů při vývoji mozku

25.1.2017
Viriony (virové částice) HIV na snímku transmisního elektronového mikroskopu, obr.Centers for Disease Control and Prevention/A. Harrison; Dr. P. Feorino, svolení PD-USGov-HHS-CDC.

Přibližně 8% našeho genomu tvoří zbytky tzv. retrovirů, kteří svou RNA přepisují uvnitř našich buněk do DNA, jíž zabudovávají přímo do našeho genomu. Zabudovali se do nás v průběhu naší evoluce a už v nás zůstaly. Tuto část našeho genomu nazýváme endogenní retroviry. Původně se myslelo, že jde pouze o jakýsi balast, nicméně poslední výzkumy ukazují, že mohou hrát svou roli v regulačních procesech, které ovlivňují fungování jiných genů. Johan Jakobsson z Lundské univerzity se svými kolegy i z Uppsalské univerzity a Karolinska Institutet identifikovali rozsáhlou skupinu retrovirů, jež se podílejí na regulaci syntézy proteinů, které hrají důležitou roli při vývoji lidského mozku. Mezi retroviry patří např. HIV, jehož viriony (virové částice) vidíme na obrázku. Jejich průměr činí přibližně 100 nm. Snímek byl pořízen transmisním elektronovým mikroskopem, obr.Centers for Disease Control and Prevention/A. Harrison; Dr. P. Feorino, svolení PD-USGov-HHS-CDC.

MUDr.Martin Hřebíček, PhD 26.1.2017: Lidský genom obsahuje zhruba 8% sekvencí, které jsou pozůstatky integrací retrovirů do zárodečných linií (tzv. endogenní retroviry (ERV)). Hostitelské buňky se různými způsoby snaží potlačit expresi ERV, která má často negativní účinky. Méně často ERV během vývoje získaly i funkce, díky kterým se které se staly součástí fyziologických mechanismů hostitelské buňky (Stoye JP: Studies of endogenous retroviruses reveal a continuing evolutionary saga. Nature Reviews Microbiology 10(6):395-406 • May 2012) Bratta°s a spoluautoři (Bratta°s PL et al. TRIM28 Controls a Gene Regulatory Network Based on Endogenous Retroviruses in Human Neural Progenitor Cells Cell Reports 18, 1–11, January 3, 2017) zjistili, že v lidských neurálních progenitorových buňkách (hNPC) se na ERV váže represorový protein TRIM28. Ten spolu s transkripční faktory z rodiny KRAB-zinc finger protein (KRAB-ZFP) tvoří systém, který se zřejmě podílí na umlčení exprese ERV v časném vývoji. KRAB-ZFP zprostředkovává vazbu TRIM28 na ERV, což vede k vytvoření lokálního heterochromatinu, který nese represivní histonovou značku H3K9me3. Autoři pomocí sekvenování DNA imunoprecipitované (ChIP-seq) s protilátkami proti TRIM28 a H3K9me nalezli sekvence významně obohacené v transponabilních elementech (85%) a ERV. Stáří většiny ERV, které vázaly TRIM28 odhadli na 35-55 milionů let. Snížení exprese TRIM28 vedlo také k aktivaci transkripce z ERV a okolních genů. KRAB-ZFP i TRIM28 jsou významně exprimované v časné embryogenezi. Autoři na základě studia exprese genů v lidských embrynálních mozcích a hNPC dovozují, že úlohou KRAB-ZFP a TRIM28 při vývoji mozku není jen represe mobilní genetických elementů. Tvrdí, že KRAB-ZFP a TRIM28 tvoří regulační síť, která ovlivňuje i expresi genů kódujích proteiny, které se nachází v okolí ERV. Pro to, že během vývoje byly tyto ERV „domestikovány“ a kooptovány do regulační sítě, může svědčit i stáří elementů vážících KRAB-ZFP a TRIM28. To vše vedlo autory k vzrušující spekulaci, že ERV mohly hrát úlohu v evoluci lidského mozku.

 

TNT a špenát

24.1.2017
Nejznámější trhavina trinitrotoluen TNT při tání za teploty 81 stupňů Celsia (foto Daniel Grohmann, CC BY-SA 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0, via Wikimedia Commons). Jde o typickou nitroaromatickou sloučeninu. Její chemickou strukturu najdeme vpravo dole.

Ze špenátu vytvořil chemický detektor tým prof.Michaela S.Strana z MIT. Listy špenátu (Spinacia oleracea) impregnovali chemicky upravenými uhlíkovými nanotrubicemi. Na část z nich navázali bílkovinu bombolitin II, která v přítomnosti nitroaromatických sloučenin mění infračervená fluorescenční spektra uhlíkových nanotrubic. Jejich zbytek stabilizovali pomocí polyvinylalkoholu, aby získali zdroj referenčního signálu. Dostat takto chemicky modifikované nanotrubice do tkáně listů není příliš obtížné. Stačí namočit jejich spodní plochy do příslušného roztoku a vyčkat, až se modifikované nanotrubice samostatně usadí v mezofylu, což je asimilační pletivo rostlin. Proniknou-li do rostliny nitroaromatické sloučeniny z půdy prostřednictvím kořenů, naváží se na systém uhlíková nanotrubice - bombolitin II a tím změní jeho infračervené fluorescenční spektrum. K vyhodnocení infračervené fluorescence listů, kterou vyvolávali laserem, nasadili jednoduchý spektrometr. Z rostliny tak můžeme získávat informace o chemikáliích v půdě. Stačí čas od času přeměřit a víme, na čem jsme. Stranův tým připravil špenát citlivý na nitroaromatické sloučeniny, protože jejích přítomnost může znamenat trhaviny v půdě, např. zapomenuté miny nebo munici. Na obrázku vidíme snad nejznámější trhavinu trinitrotoluen TNT při tání za teploty 81 stupňů Celsia (foto Daniel Grohmann, CC BY-SA 3.0, http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0, via Wikimedia Commons). Jde o typickou nitroaromatickou sloučeninu. Její chemickou strukturu najdeme vpravo dole.

 

Poznámky k dětem tří rodičů

23.1.2017

V poslední době se objevily zprávy o dalším narozeném „dítěti tří rodičů“, tentokrát však ne z důvodu dědičné mitochondriální vady, ale pro údajné zlepšení vývojového potenciálu embrya. Rád bych se k tomu vyjádřil z pozice klinického embryologa. Jak chápat označení „dítě tří rodičů“? Jde odvozeno ze skutečnosti, že kromě jaderné genetické výbavy získané od biologické matky a biologického otce dostane budoucí dítě mitochondrie (buněčná organela zajišťující oxidativní fosforylaci, obsahující DNA) od dárkyně. Je třeba si ovšem uvědomit, že od biologického otce a biologické matky dostane přibližně po 20 000 genů, od dárkyně 34 genů, z nichž 13 kóduje proteiny. Navíc, mitochondriální genetická informace kóduje právě jen enzymy zajišťující oxidativní fosforylaci a tento mitochondriální genom se mezi různými jedinci liší jen málo. Takže „tři rodiče“ je opravdu velká nadsázka.

Kdy se výměna mitochondrií provádí? Může to být užitečné tam, kde by dítě zdědilo po matce mitochondrie s mutacemi, které způsobí špatnou funkci enzymů zajišťujících oxidativní fosforylaci, což vede k těžkým vrozeným vadám. Jak se výměna mitochondrií provádí? Vajíčko není nějaký váček naplněný tekutou cytoplazmou, ze kterého by bylo možné jednoduše odsát mitochondrie a vpravit je do druhého vajíčka, ze kterého jsme odsáli původní obsah. Struktura vajíčka je složitá, jeho cytoplazma je vyplněna cytoskeletem, na který jsou vázány jednotlivé buněčné organely včetně mitochondrií. Jedinou schůdnou cestou je postupovat opačně a vyměnit jaderný materiál. To lze provést dvěma způsoby. První spočívá v tom, že je z vajíčka dárkyně na stadiu metafáze II odstraněna malá část cytoplazmy obsahující dělící vřeténko složené převážně z chromozomů a připojených mikrotubulů a je nahrazena dělícím vřeténkem biologické matky. Potom je vajíčko oplozeno spermií biologického otce a pěstováno do stadia vhodného k transferu do dělohy. Druhá metoda pracuje s oplozeným vajíčkem, zygotou. Oplozené vajíčko, u kterého ještě neproběhlo první dělení a je tedy dosud jednobuněčné, obsahuje dvě prvojádra, mužské a ženské. Darované vajíčko i vajíčko biologické matky se oplodní spermiemi biologického otce. Ze zygoty vzniklé oplozením darovaného vajíčka se odstraní obě prvojádra i s nejbližší cytoplazmou a nahradí se prvojádry zygoty vzniklé oplozením vajíčka biologické matky. Výměna obou prvojader je nezbytná, protože u člověka nelze prvojádro mužské a ženské v živé buňce odlišit. Po mikrurgickém zákroku se embryo opět pěstuje do stadia vhodného k transferu.

Jaká jsou rizika metody? Předně je třeba si uvědomit, že při zákroku samém mohou být poškozeny důležité struktury vajíčka nebo zygoty. Nikdy také nejsou nahrazeny všechny mitochondrie, okolo dělícího vřeténka i okolo prvojader se nachází značné množství mitochondrií, které se přenesou společně. Může se dokonce stát, že původní mitochondrie se množí rychleji než „zdravé“ a zcela je přerostou. Rovněž je možné, že za určitých okolností nebude genom mitochondrií spolupracovat s jaderným genomem, což je fatální. Jde tedy o metodu zatíženou četnými riziky, měla by být vyhrazena jen pro geneticky indikované případy a teprve budoucnost ukáže, jestli její přínosy převáží.

Prof. MUDr. Pavel Trávník, DrSc.

Komunikace trusem

22.1.2017
Nosorožec tuponosý jižní v namibijské pánvi Etosha v červnu 2016 na fotografii Václava Ourednika z Alpine Astrovillage.

Nosorožci si vzájemně vysílají signály pomocí svého trusu. Experimentálně to ověřili Courtney Marneweck a Adrian M. Shrader z University of KwaZulu-Natal v jihoafrickém Pietermaritzburgu spolu s Andreasem Jürgensem z Technische Universität Darmstadt. Savci si běžně vysílají signály pomocí chemikálií ve své moči, např. vyznačují tak svá teritoria. Využití trusu k obdobným účelům tak běžné není. Nicméně v trusu samice nosorožce tuponosého (Ceratotherium simum) se v období říje vyskytuje 2,6-dimethylundekan a u samců nepřetržitě uhlovodík nonan. U jiných samců vystavených v nezávislém experimentu těmto sloučeninám v uvedeném pořadí bylo možné pozorovat změnu chování odpovídající možnosti páření popřípadě nebezpečí hrozící od druhého samce. Pohlaví nosorožce lze rozlišit pomocí obsahu 2,3-dimethylundekanu a věk pomocí heptanalu. Jejich vliv na chování nosorožců se experimentálně doložit nepodařilo. Chemické vzorce sloučenin mohou zájemci najít zde. Na obrázku vidíme nosorožce tuponosého v namibijské pánvi Etosha v červnu 2016 na fotografii Václava Ourednika z Alpine Astrovillage.

 

Už i vodík

21.1.2017
Struktura zkoumaného hydratovaného hlinitofosforečnanu kobaltnatého. Maxima v elektrostatickém potenciálu odpovídají pozicím vodíkových atomů ve struktuře.

Vědci z Fyzikálního ústavu AV ČR stojí v čele mezinárodního týmu, který vyvinul novou metodu analýzy rozptylu elektronů na nanokrystalických materiálech. Tato metoda dosáhla takové přesnosti, že pomocí ní bylo možné určit pozice i těch nejlehčích existujících atomů – atomů vodíku, což doposud nešlo.Podařilo se to díky využití pokročilých výpočetních postupů a vývojem nových algoritmů pro zpracování dat. Atom vodíku obsahuje pouze jeden proton a jeden elektron a proto dává v elektronové difrakci nejslabší signál. Spolehlivá detekce atomů vodíku je obecně považována za jeden z nejobtížnějších úkolů při určování krystalové struktury a pomocí elektronové difrakce byla doposud zcela nemožná. Práce vznikla ve spolupráci s vědci z francouzského CNRS. V práci byly analyzovány struktury dvou látek – organické látky paracetamolu, což je účinná složka řady analgetik a antipyretik, a hydratovaného hlinitofosforečnanu kobaltnatého. Ten byl vybrán jako reprezentant anorganických materiálů s trojrozměrně propojenou strukturou, které jsou hojně využívány v chemickém průmyslu jako sorbenty a katalyzátory. V obou případech se podařilo určit pozice všech vodíkových atomů v krystalové struktuře. Vyvinutá metoda přináší kvalitativní posun v možnostech analýzy krystalických materiálů a vzhledem k širokému použití krystalografie v přírodních vědách má potenciál přispět k rozvoji celé řady vědních oborů. Na obrázku vidíme strukturu zkoumaného hydratovaného hlinitofosforečnanu kobaltnatého. Maxima v elektrostatickém potenciálu odpovídají pozicím vodíkových atomů ve struktuře. Jeho strukturu uvidíme též na tomto videu.

Výtah z tiskové zprávy Fyzikálního ústavu AV ČR. Její plný text najdeme zde.

 

Prezidentské druhy

20.1.2017
Neopalpa donaldtrumpi na fotografii Vazricka Nazariho, CC-BY 4.0, ZooKeys 641: 165-181 (21 Dec 2016), https://doi.org/10.3897/zookeys.641.11500). Černá úsečka je 1 mm dlouhá.

Nový druh motýla z čeledi makadlovkovitých (Gelechiidae) pojmenoval entomolog Dr.Vazrick Nazari podle nastupujícího amerického prezidenta Neopalpa donaldtrumpi. Jde o teprve druhý druh rodu Neopalpa. Ten první, zvaný Neopalpa neonata, popsal roku 1998 český entomolog prof.Dalibor Povolný (1924 - 2004) z brněnské Mendelovy zemědělské a lesnické univerzity. N. donaldtrumpi žije v oblasti jižní Kalifornie a severu Kalifornského poloostrova v Mexiku. Prohlédnout si ho můžeme na obrázku (foto Vazrick Nazari, CC-BY 4.0, ZooKeys 641: 165-181 (21 Dec 2016), https://doi.org/10.3897/zookeys.641.11500). Černá úsečka je 1 mm dlouhá. K tomuto pojmenování Dr.Nazariho inspitovaly světle žluté šupinky na hlavě dospělých jedinců, které poněkud připomínají tupé Donalda Trumpa. Zkrátka nepřišel ani předchozí prezident Barack Obama. Po něm pojmenovaná rybka Tosanoides obama z čeledi kanicovitých (Serranidae) dorůstá několika centimetrů. Žije v korálových útesech rezervace Papahanaumokuakea Marine National Monument, která se táhne v délce kolem 2.000 km severovýchodně od Havajských ostrovů až k atolu Kure.

 

Řízení genů vypínačem

19.1.2017
Chemická struktura pyocyaninu.

Společně regulovanou skupinu genů (regulon), zvanou SoxRS, lze v bakterii Escherichia coli řídit pomocí vnější elektrody. Jde o skupinu genů, která odpovídá zejména za detoxifikaci buňky. Spouští ji oxidativní stres. Tým Williama E.Bentleyho z University of Maryland spolu s kolegy z National Institutes of Health ho vyvolali prostřednictvím jinak toxické molekuly pyocyaninu (struktura viz obr.), která oxiduje klastr Fe2S2 v bílkovině SoxR, čímž spustili činnost zmíněného regulonu. V chodu ho udržovali pomocí hexakyanoželezitanového aniontu [Fe(CN)6]3-. Ten získávali běžnou elektrochemickou reakcí na elektrodě oxidací z hexakyanoželeznatanového aniontu [Fe(CN)6]4-. Jde nepochybně o zajímavou metodu, avšak s velmi omezenými možnostmi užití. Regulaci genů ovlivňujeme napodobením oxidativního stresu. Geny, které s reakcí na něj nemají nic společného, takto ovlivnit nelze.

 

Tajemství Venušiny atmosféry

18.1.2017
V levé části obrázku vidíme zřejmě stojatou vlnu v atmosféře Venuše (foto Planet-C/Akatsuki).

Sonda Akatsuki japonské kosmické agentury JAXA identifikovala v atmosféře Venuše obrovský objekt rozpínající se v oblouku o délce 10.000 km od severu k jihu (viz obr., foto Planet-C/Akatsuki). Zaregistrovali ho pouze její citlivé infračervené kamery jako oblast s odlišnou teplotou než okolí. Velmi zajímavé je, že během čtyř dnů pozorování se pohnul jen nepatrně. Přitom vrstva oblaků z kapiček kyseliny sírové ve výšce přibližně 50 - 65 km obíhá planetu velmi rychle. Během čtyř dnů dokončí celý jeden oběh. Zřejmě jde o stojatou vlnu. Vytváří ji nejspíš vzdušné proudění, které do výšky zvedá tektonická vyvýšenina Aphrodite Terra. Jde o oblast na Venušině rovníku o rozloze přibližně naší Afriky. Leží přímo pod středem pozorovaného útvaru. Podobné úkazy známe i z naší pozemské atmosféry.

 

Chemický uzel

17.1.2017
Chemická struktura molekulového uzlu, Danon et al., Braiding a molecular knot with eight crossings,  Science 355, 159-162 (2017).

Zatím nejpropletenější chemickou strukturu syntézovali chemici z University of Mancester z tým prof.Davida Leigha. Cyklus 192 atomů o celkové délce kolem 20 nm obsahuje celkem osm překřížení. Čtyři železnaté kationty Fe2+ navzájem propojují křížící se organické můstky, jak vidíme na obrázku (Danon et al., Braiding a molecular knot with eight crossings, Science 355, 159-162 (2017)). Překvapující je přítomnost chloridového aniontu Cl-, který občas vstupuje do centrální dutiny, na obrázku prázdné. Zřejmě přispívá ke stabilitě celé molekuly. Prostorový model celé molekuly včetně chloridového aniontu najdeme na tomto videu. Průzkum takto kompaktních chemických sloučenin může vést k přípravě extrémně pevných materiálů.

 

Prostá centrifuga

16.1.2017
Konstrukce ruční papírové odstředivky (Bhamla, M. S. et al. Hand-powered ultralow-cost paper centrifuge. Nat. Biomed. Eng. 1, 0009 (2017)).

Dávnou hračku přeměnili M.Saad Bhamla a Manu Prakash se svými kolegy ze Stanford University na jednoduchou polní ručně hnanou odstředivku. Jejím základem je kotouč se dvěma otvory poblíž středu, jakýsi velký knoflík. Skrze ně provlékneme uzavřenou smyčku z motouzu, kterou uchytíme na dva držáky. Celou konstrukci objasňuje obrázek (Bhamla, M. S. et al. Hand-powered ultralow-cost paper centrifuge. Nat. Biomed. Eng. 1, 0009 (2017)). Na tomto videu vidíme, jak to funguje. Na zkumavky umístěné na obvodu kotouče působí odstředivá síla, která je srovnatelná s dobrou laboratorní odstředivkou. Ta je ovšem mnohem větší, podstatně těžší a potřebuje ke svému provozu přívod elektřiny. Odstřeďování je důležitou a rozšířenou laboratorní procedurou hlavně při zpracování a analýze biologických a medicínských vzorků. Vynález Bhamly a jeho kolegů usnadní a zlevní použití moderních technologií i v méně vyspělých oblastech světa. Svůj vynález nazvali paperfuge, jako složeninu z anglických slov paper centrifuge (papírová odstředivka).

 

Dávné osídlení Tibetu

15.1.2017
Otisk lidké dlaně v travertinu v lokalitě Chusang na jihu Tibetské plošiny (foto Mark Aldenderfer).

Zemědělci osídlili Tibetskou plošinu před 3.600 lety. Nicméně lidé tam žili již dlouho před tím, což dokládají antropologické výzkumy R.C.Meyera z Innsbrucké univerzity a jeho kolegů ze Spojených států, Německa a Nového Zélandu. U vesnice Chusang v jižní části Tibetské plošiny ve výši 4.270 m.n.m. se nachází v travertinu řada otisků lidských rukou a nohou, které jsou staré minimálně 7.400 a maximálně až 12.670 let. Jejich věk určili datováním pomocí radioaktivního rozpadu uranu a thoria-230. Travertin je porézní uhličitan vápenatý, který vzniká usazování na zemi. Otisky vznikly během jeho tuhnutí. Jeden z nich vidíme na fotografii Marka Aldenderfera.

Klouda 17.1.2016: Je dojemné, jak vědecký mainstream dokazuje tibetskou věkožiznou kulturu. Proč to činí? První němečtí cestovatelé v Tibetu ze začátku 20. století i Stanislav Komárek v ninties 20. století se shodují, že je Tibet velmi zaostalou enklávou a nemáme na něm co obdivovat (pokud nemilujeme polovzdělané mnichy a umělé politické dalajlámovské hříčky), protože Tibeťané by všichni (mimo mnichů) velmi chtěli být považováni za kulturní národ aspoň jako Nepálci.

18.1.2017: Proč to činíme? Přeci proto, že nás za to dalajláma platí. To dá rozum. Má na to speciální fond, do kterého přispívají ilumináti,CIA, zednáři, Židé, uprchlíci a oni.

 

Kabátek na protilátky

14.1.2017
Chemická struktura poly(ethylenglykol) 2-merkaptothyletheru octové kyseliny (nahoře), 3-merkaptopropyl-trimethoxysilanu (uprostřed) a ZIF-8 (dole).

Imobilizované protilátky jsou klíčovou součástí různých lékařských nebo biologických analytických soupraviček. Problém je jejich nízká stabilita, takže je musíme přechovávat za snížené teploty. Zajímavou konzervační metodu vyvinul tým prof. Srikantha Singamaneniho z Washington Universtiy v Saint Louis. Vyšli z králičího imunoglobulinu G, na který napojili zlaté nanotyčinky o délce kolem 50 nm a průměru něco pod 20 nm pomocí poly(ethylenglykol) 2-merkaptothyletheru octové kyseliny. Jeho chemickou strukturu vidíme na obrázku nahoře. Silné vazby atomů zlata na skupinu -SH se běžně vyžívá při napojování částic zlata nebo vytváření zlatých povrchů. Pomocí vazby zlatého povrchu protilátkové částice k -SH skupině 3-merkaptopropyl-trimethoxysilanu (struktura na obr. uprostřed) je pevně navázali na pevný skleněný povrch. Pak je pokryli povlakem z koordinačního polymeru neboli metal-organic frameworks, zkráceně MOF, jak se i v češtině nejčastěji nazývají. Jde o komplexní struktury z kovových kationtů propojených vícevaznými organickými můstky. Konkrétně v našem případě použili tzv. ZIF-8, což je komplex zinečnatých kationů a imidazolátu. Jeho strukturu vidíme na obrázku dole. Takto překryté protilátky jsou spolehlivě ochráněny před degradací vlivem vnějšího prostředí a lze je přechovávat i za normální teploty. Před použitím se ochranná vrstva prostě spláchne obyčejnou vodou.

 

Myška zabiják

13.1.2017
Myš lovící cvrčka po působení klozapin-N-oxidu  (foto Ivan de Araujo). Jeho chemická struktura leží v pravém horním rohu.

Vyvolat u obyčejné laboratorní myšky chování predátora lze ovlivněním centrálního jádra amygdaly., což je párová mozková struktura obratlovců. Najdeme ji ve střední části spánkového laloku . Dosáhl toho Ivan de Araujo z John B.Pierce Laboratory v New Havenu v Connecticutu se svým americko-brazilským týmem. Chování mozkových neuronů ovlivnili pomocí bílkoviny channelrhodopsin2 z jednobuněčných mořských řas. Do buněčných membrán příslušných nervových buněk ho zabudovali ve spojení s virovými proteiny. Na správné místo mozku je vpravili pomocí speciální injekce. Po osvícení pomocí voperovaného světlovodu otevírá channelrhodopsin2 skrze buněčnou membránu iontový kanál, čímž ovlivňuje přenos nervových vzruchů. Myš se začne chovat jako predátor, pronásleduje cvrčky i umělé modely kořisti a žere je. Po zhasnutí světla toto chování okamžitě zmizí. Spuštění loveckého chování lze dosáhnout i působením klozapin-N-oxidu na laboratorně připravené speciální receptory. Do membrán mozkových buněk proniknou obdobně jako channelrhodopsin2. Na obrázku vidíme myš lovící cvrčka po působení klozapin-N-oxidu (foto Ivan de Araujo). Jeho chemická struktura leží v pravém horním rohu.

Martin Suchý 15.1.2016: myš vám může vychytat myši (ale to přece jde, potkan to umí - vybije ostatní potkany a myši).

Martin Zdravibrandacz 16.1.2016: lze se jen dohadovat, jaké dárečky v sobě nesou všeliké "virové" infekce a čím se pak spouští nově vybudované info.struktury. jisto je, že se populace chová už dost podivně..

 

Pavoučí chiméry

12.1.2017
Křižák A. ventricosus z čeledi křižákovitých (Araneidae) na fotografii Masaki Ikedy (CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons, https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Araneus_ventricosus_L._Koch_090701.jpg).

Pavoučí vlákno představuje vynikající materiál s vysokou pevností. Jeho výroba ve větším měřítku představuje problém. Velkochov pavouků nepřichází v úvahu, protože pavouci žijí ve svých teritoriích, v nichž nesnesou konkurenta. Vlastní bílkovinu, která vlákno tvoří, není až takový problém připravit pomocí geneticky modifikovaných bakteriích, kvasinek nebo tkáňových kultur. Zásadní překážkou pro získání vláken z takto získaného proteinu je jeho nízká rozpustnost, která neumožňuje využít standardní postupy tažení vláken. Pavouci vlákno ve svých snovacích žlázách vytvářejí pomocí gradientu pH od 7,6 do 5,7, což je na výrobu ve větším měřítku složitá metoda. Problém vyřešili Marlene Andersson, Jan Johansson a Anna Rising spolu s dalšími kolegy ze Švédské zemědělské univerzity v Uppsale a jiných evropských pracovišť. Na výzkumu se podíleli i experti z šanghajské Východočínské univerzity. Přestože pavoučí vlákna vypadají na pohled shodně, jejich přesná chemická struktura, a tedy i vlastnosti, se druh od druhu trochu liší. Rozdíly jsou pochopitelně i v jejich rozpustnosti. Zmíněný vědecký tým zkombinoval DNA z pavouků Euprosthenops australis z čeledi lovčíkovitých (Pisauridae) a křižáka Araneus ventricosus. Vpravili jí do buněk bakterií Escherichia coli, která vyprodukovala bílkovinu s dostatečnou rozpustností. Pro výrobu vlákna pak využili standardní postup, při kterém se rozpuštěná bílkovina po průchodu kapilárou sráží ve vlákno v kyselé lázni. Na obrázku vidíme křižáka A. ventricosus na fotografii Masaki Ikedy (CC BY-SA 3.0 via Wikimedia Commons, https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Araneus_ventricosus_L._Koch_090701.jpg).

 

Léčivý jed

11.1.2017
Chemická struktura sloučeniny PeroxyTCM-1, která v buňkách uvolňuje sulfan.

Jedovatý sulfan, po staru sirovodík H2S, patří spolu s oxidem uhelnatým CO a oxidem dusnatým NO k důležitým signálním molekulám v našem organismu. Jeho možné léčebné účinky jsou předmětem mnohých výzkumů. Zásadní problém je, jak ho dopravit na správné místo v organismu, aby svou toxicitou nezpůsobil cestou více škody než užitku. Řešením jsou sloučeniny, které ho uvolní až na správném místě. Jejich studiem se zabývá Dr. Y. Zhao a prof. Dr. M. D. Pluth z University of Oregon v Eugene. Na obrázku vidíme strukturu molekuly zvané PeroxyTCM-1, kterou testují pro užití v živých organismech. Ve vodním prostředí je stabilní. Rozpadá se za podmínek oxidačního stresu, přičemž uvolňuje karbonylsulfid S=C=O. Běžný enzym karbonátdehydratáza ho přemění na sulfan H2S. Oxidační stres nastává, pokud je v buňkách přítomno více aktivních kyslíkatých radikálů, než stačí její metabolismus odbourat. Dochází k tomu při různých onemocněních, které by mohl sulfan napomoci léčit.

Vlastislav Výprachtický 12.1.2016: Pro některá onemocnění léčená sirovodíkem lze navrhnout aplikaci černých vejec / stoletá vejce /, která ovolňují H2S. Používané v asijské kuchyni jako pochoutka.

 

Regulace příjmu potravy

10.1.2017
Chemická struktura kyseliny propionové, systematicky propanové.

Kyselina propionová, jejíž chemickou strukturu vidíme na obrázku, hraje důležitou roli při regulaci přijmu potravy. Produkují ji v našem střevě bakterie kvašením rozpustné vlákniny, obdobně jako mastné kyseliny. Po proniknutí do buněk zvyšuje kyselina propionová množství peptidů PYY a GLP-1, které přímo regulují příjem energie. Edward S Chambers a Gary Frost spolu s dalšími kolegy z Imperial College London a jiných britských pracovišť její působení prokázali i přímým podáváním.

Vlastislav Výprachtický 11.1.2016: Velmi přínosný poznatek pro řešení metabolismu potravy. Spolu s enzymy pro rozklad tuků,/ trypsin,arginin, pepsin / může se ovlivnit řada problémů v léčbě.

 

Analytický mikroskop

9.1.2017

Optický mikroskop, který zároveň provádí chemickou analýzu pozorovaných částic, sestrojil R. M. Sullenberger se svými kolegy z MIT. Je dostatečně citlivý, aby rozpoznal složení částic mikrometrových rozměrů. Základem je spolupráce dvou laserů, které současně ozařují vzorek. Infračervený v pulsním režimu, zelený o vlnové délce 532 nm kontinuálně. Analyzovaná částice rozptyluje dopadající zelené světlo odlišným způsobem, podle toho, zdali zrovna pohltila infračervené záření nebo ne. Z těchto rozdílů lze určit její infračervené spektrum, od nějž je již jen krůček k chemickému složení. Ke snímání rozptýleného viditelného záření slouží citlivá kamera. Ostření zajišťuje infračervený laser ozařující pouze zkoumanou oblast. Viditelný laser svým signálem pokrývá celý vzorek.

 

Sobem proti teplu

8.1.2017
Sob polární (Rangifer tarandus).

Početná stáda sobů polárních (Rangifer tarandus) pasoucích se v tundrách severu ochlazují lokálně své životní prostředí. Důkladné spásání zabraňuje vzrůstu a rozšíření dřevnatých křovin a nechává volné místo pro růst přízemních bylin. Jejich odrazivost neboli albedo, je vyšší. Plochy řádné soby spásané odrazí více o 4,4 W záření na metr čtvereční, což postačuje, aby se lokálně poněkud ochladilo. Ukazuje to dlouhodobá studie, jejíž výsledky nyní publikovala Mariska te Bees se svými kolegy z Umeaské univerzity v severním Švédsku. Experiment započal v 60.letech, kdy dlouhý plot oddělil plochy, na nichž Samové pasou svá stáda hospodářských sobů od oblastí jen řídce zabydlených několika divokými jedinci.

 

Burská alergie

7.1.2017
Podzemnice olejná (Arachis hypogaea), Franz Eugen Köhler, Köhler's Medizinal-Pflanzen, 1887, via Wikimedia Commons.

Alergie na burské oříšky není vrozená, nýbrž se vyvíjí teprve v časných fázích našeho života. Expertní panel organizovaný americkou National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) vydal doporučení, jak jí předcházet. Výrobky z burských oříšků je třeba začít konzumovat již ve velmi mladém věku. Dokonce i děti postižené ekzémy a jinými alergiemi by s tím měly začít před prvním rokem života, aby se předešlo vzniku této stále se rozšiřující alergie. Burské oříšky jsou semeny podzemnice olejné (Arachis hypogaea) z čeledi bobovitých. Patří tudíž mezi luštěniny a neloupaný burský oříšek je lusk. Pochází z Jižní Ameriky, kde byla domestikována zhruba před 6.000 lety. Rostlinu včetně plodů vidíme na obrázku (Franz Eugen Köhler, Köhler's Medizinal-Pflanzen, 1887, via Wikimedia Commons).

 

Nákladní dron

6.1.2017
Drón Kormoran izraelské společnosti Urban Aeronautics v letu, foto Urban Aeronautics.

Izraelská společnost Urban Aeronautics úspěšně dokončila další testy svého nákladní dronu Kormorán, které spočívaly v samostatném letu na nerovným terénem. Jak vidíme na obrázku (foto Urban Aeronautics), Kormorán není žádný drobeček. Váží 1,5 tuny a uveze 500 kg rychlostí 185 km/hod na vzdálenost 50 km. Dostoupí až do 5.500 m. Jeho vývoj začal před 15 lety a snad se již chýlí ke konci. Určen je k transportu po bojištích a při záchranných misích včetně zamořeného prostředí. Vzhledem k tomu, že nemá lidskou posádku, lze ho vystavit mnohem většímu riziku. Komerčně dostupný by měl být v roce 2020 při ceně 14 milionů dolarů za kus. Jeden z jeho testovacích letů můžeme shlédnout na tomto videu.

Vlastislav Výprachtický 7.1.2016: Velmi nákladný způsob dopravy,očekával bych spíše využít vyřazených a následně upravených letadel případně i k jednomu použití.

Jiří M. 12.1.2016: Podle mě vyřazená letadla na jedno použítí mohou představovat nemalé riziko. Oprava vyřazených letadel také něco stojí a ještě jejich úprava, to je velmi nákladné a nebezpečné, protože to stále nemusí zaručit 100 % funkčnost, zvlášť když letadlo nebylo dříve určeno k takovému provozu. Navíc to není ani tak efektivní jako použít jedno několikrát.

 

Minerální oblaka

5.1.2017
Spitzerův vesmírný dalekohled před startem roku 2003 na snímku NASA (via Wikimedia Commons).

Citlivost současných analytických přístrojů je tak vysoká, že nám přináší detaily i o dění na exoplanetách, vzdálených tělesech obíhající hvězdy mimo naší Sluneční soustavu. Byť jsou zpravidla podstatně větší než naše Země, z vesmírné hlediska jde o malé objekty, navíc přezářené zářením své mateřské hvězdy. D.J.Armostrong se svými kolegy z týmu N. Fereshteho Sanieeho z University of Warwick ze světla odraženého a emitovaného během roku planetou HAT-P-7 b usuzují na složení její atmosféry. Z našeho pohledu je poněkud zvláštní - oblaka tam netvoří kapičky vody, ale krystalky oxidu hlinitého Al2O3 a oxidu titaničito-vápenatého CaTiO3. HAT-P-7 b je extrémně horká planeta, jejíž průměru činí 1,4 násobek průměru našeho Jupitera. Kolem své hvězdy HAT-P-7 obíhá mnohem blíž. Její rok uběhne během 2,2 našeho pozemského dne. Povrchové teploty dosahují až 2.860 K, takže mraky tam mohou vznikat opravdu pouze ze sloučenin, které tuhnou a vypařují se při podstatně vyšších teplotách než voda. Teplota tání oxidu hlinitého se pohybuje v závislosti na krystalové struktuře mezi 2.300 - 2.350 K, teplota varu činí 3.253 K. Oxid titaničito- vápenatý taje při 2.248 K a vypařuje se při 3.270 K. Hvězda HAT-P-7 leží v souhvězdí labutě ve vzdálenosti 1.044 světelných let. Planetární spektra naměřily družice Kepler ve viditelné oblasti a Spitzerův vesmírný dalekohled v infračervené. Před startem roku 2003 ho vidíme na snímku NASA (via Wikimedia Commons.

 

Heterotrofní langusty

4.1.2017
Langusta Panulirus argus (foto NOAA via Wikimedia Commons).

Výživa naprosté většiny organismů na Zemi závisí na fotosyntéze, ať už si pomocí slunečního záření vytvářejí organické sloučeniny samostatně jako zelené rostliny, anebo těch organismů, které se na nich pasou, nebo predátorů požírajících jedlíky rostlin. Výjimky jsou zajímavé, avšak nečetné. Existuje skupina chemotrofních organismů, kteří energii získávají z chemických sloučenin ve svém okolí. Výzkum Martina J. Attrilla a Nicholase D. Higgse z Plymouth University spolu s Jasonem Newtonem ze Scottish Universities Environmental Research Centre ukázal, že 20% potravy langusty Panulirus argus z čeledi langustovitých (Palinuridae) pochází z chemotrofních zdrojů. Chov těchto langust je na karibských ostrovech velmi významný. Zabývá se jím na 50.000 lidí a roční obrat odvětví přesahuje 450 milionů dolarů. Opravdu nikdo nečekal, že existuje tak významná součást naší stravy, snad s výjimkou hub, která by nezávisela na slunečním záření. Langusty P. argus kromě jiného požírají lucinovité mlže (Lucinidae), kterým organické sloučeniny dodávají chemotrofní bakterie žijící na jejich žábrách. Langustu Panulirus argus vidíme na obrázku (foto NOAA via Wikimedia Commons).

 

Kdy se líhli dinosauři?

3.1.2017
Nevylíhlé zkamenělé embryo druhu Protoceratops andrewsi ve vajíčku nalezené v mongolské lokalitě Ukhaa Tolgod (foto AMNH/M. Ellison).

Vývoj dinosauřích embryí ve vajíčkách trval překvapivě dlouho, od tří do šesti měsíců. Na základě studia jejích zubů tak soudí tým vědců z Florida State University, American Museum of Natural History a University of Calgary pod vedením prof. Gregory Ericksona (FSU). Ptáci sedí na vejcích od 11 do 85 dní, takže paleontologové předpokládali, že u ještěrů to bude obdobné. Pomocí rentgenové počítačové tomografie a mikroskopicky prozkoumali zkamenělá embrya dvou ještěrů. Jedním z nich byl protoceratops, rohatý dinosaurus velikosti zhruba prasete, který žil asi před 80 miliony let v období svrchní křídy na území dnešního Mongolska a Číny. Jeho vejce vážila kolem 200 g. Zkoumaný zkamenělý exemplář nevylíhlého protoceratopse nalezl jeden z autorů studie, Mark Norell, v poušti Gobi. Druhou studovanou fosilií bylo embryo hypacrosaura, velkého ptákopánvého ornitopodního dinosaura z období svrchní křídy. Před 76 až 67 miliony let žil na teritoriu dnešní severní Ameriky. Jeho vejce vážila přes 4 kg. Zkoumaný exemplář pochází z naleziště v kanadské provincii Alberta. Přesné stáří embryí určili podle počtu tzv. von Ebnerových linií, které odpovídají denním přírůstkům zuboviny (dentinu). Embryo hypacrosaura zemřelo ve věku asi půl roku, protoceratopsí se dožilo půl roku. Nevylíhlé zkamenělé embryo druhu Protoceratops andrewsi ve vajíčku nalezené v mongolské lokalitě Ukhaa Tolgod vidíme na obrázku (foto AMNH/M. Ellison).

 

Chemická stopa našeho žití

2.1.2017
Chemická struktura sinensetinu z citrusů.

S novou forenzní technologií přichází chemický tým Pietera C. Dorresteina z University of California v San Diegu. Během každodenních činností přenášíme na své osobní předměty řadu sloučenin, se kterými přicházíme do styku. Může jít o stopy jídla, kosmetiky, pafémů, léků, krmiva pro naše domácí zvířátka, drog, hnojiva pro květiny, atp. Ruce si myjeme, ale osobní předměty, které do nich často bereme, nikoliv. Proto např. naše osobní propiska, ale zejména povrch mobilu na sobě schraňuje stopy všech sloučenin, se kterými přicházíme do styku. Vzniká tak jakási chemická stopa našeho žití. Například typickým znakem loupání citrusových plodů je sloučenina sinensetin (struktura viz obr.), kterou prostřednictvím svých rukou přenášíme dále. Současná hmotnostní spektrometrie ve spojení s plynovou chromatografií už dosáhla takové citlivosti, že bez větších problémů dokáže tyto stopy analyzovat. V praxi by to mohlo vypadat třeba tak, že i odhozený mobil bez otisků prstů a genetických stop bude možné přiřadit jeho původnímu uživateli.

Rudolf Harciník 3.1.2017: no jo ale chemická stopa je vždy po čase kontaminována s jinými prvky periodické soustavy.Takže k čemu mi je dobrý tento poznatek je mi záhadou.

5.1.2017: Pokud nejste policista, tak Vám osobně tato technologie opravdu k ničemu není. Jde o forenzní technologii. Pokud předměte užíváte, svou chemickou stopu neustále udržujete obnovujete. Není mi jasné, jak to myslíte s tou kontaminací? Jaké jiné prvky máte na mysli a odkud se tam dostanou?

 

Znovuobjevený chuchvalec

1.1.2017
Vršenka Bathochordaeus charon, foto MBARI.

Rob Sherlock se svými kolegy z Monterey Bay Aquarium Research Institute (MBARI) poprvé po sto letech zpozorovali nedaleko kalifornského pobřeží vzácnou vršenku Bathochordaeus charon. Nepochybně mu v tom pomohlo dálkově ovládané výzkumné platidlo Ventana. Poprvé B. charon pozoroval prof.Carl Chun z Lipské univerzity roku 1899. Velké vršenky letmo zahlédli oceánologové od té doby ještě několikrát, jejich druh se jim určit nepodařilo nebo šlo o jiný druh. Jak vidíme na obrázku (foto MBARI), jde o nevelký ve vodě se vznášející chuchvalec. Největší útvar, který na obrázku vidíme, je filtr sloužící k získávání potravy z mořské vody. Světlé puntíky jsou zachycené částice. Při jeho poškození ho vršenka velmi rychle nahradí. Vlastní živočich je až uvnitř. Třída vršenek (Larvacea) patří do řádu pláštěnců (Tunicata). I když její vzhled tomu příliš nenapovídá, patří mezi strunatce (Chordata), tedy do stejného kmene, jako my i ostatní obratlovci. B. charon je neobvykle veliký, dorůstá až 10 cm, zatímco všichni jeho ostatní příbuzní nejsou větší než několik milimetrů.

 

Diskuse/Aktualizace